Samkvæmt 1. gr. Viðauka B í reglugerð Gerðardóms VÍ greiðir gerðarbeiðandi skráningargjald að jafnvirði 1.000 EUR. Gjaldinu þarf að fylgja beiðni um gerðarmeðferð, en gjaldið er óafturkræft og telst hluti af heildarkostnaði við gerðarmeðferðina.

Þóknun til gerðarmanna og annar kostnaður af málsmeðferðinni miðast við heildarhagsmuni viðkomandi máls samkvæmt gjaldskrá dómsins í Viðauka B við reglur Gerðardómsins, í samræmi við gjaldtöku sambærilegra gerðardómsstofnana víðs vegar um heim. Þegar beiðni um gerðarmeðferð og greinargerð gagnaðila liggja fyrir ákveður stjórn Gerðardómsins fjárhæð fyrirframgreiðslu sem málsaðilar þurfa að greiða. Stjórn Gerðardómsins er heimilt að ákveða að málsaðilar geti lagt fram bankaábyrgð í stað fyrirframgreiðslunnar.

Áður en gerðardómarar kveða upp úrskurð ákveður stjórn Gerðardómsins endanlegan kostnað vegna gerðarmeðferðarinnar.